C'est un garçon qui s'appelle Yugi, timide et chétif qui n'as pas vraiments beaucoups d'amis. Il passait tout son temps libre à tenter de résoudre un puzzle vieux de cinq mille ans que lui a offert son grand-père. Le jour oû il réussit à le résoudre, tout un nouveaux monde s'ouvre à lui.Il se fait de nouveaux amis, Joey, Tristan et Téa et surtout, il découvre en lui une seconde personnalité qui ignore tout sur son passé. En réussissant à résoudre le puzzle, Yugi a libéré sa mémoire passé en la personne de Atem, un vieux Pharaon qui vécut il y a cinq mille ans. Ensemble, il vont tenter de retrouver la mémoire perdue de ce dernier en participant à divers duel de cartes. Au fur et à mesure de leurs aventures, ils apprennent que le jeu de Duel de cartes a été créé par un milliardaire du non de Pegasus. Il l'a fait à partir de textes et images gravés sur des murs dans la Vallée Perdue. Il a reproduit tous les monstres - même les plus puissants - sur un jeu de cartes rendu populaire par Kaiba.Ce jeune milliardaire, associé à Pegasus, a créé différents éléments comme le Duel disque pour popularisé le jeu.Kaiba est lui-même pratiquant du duel de monstres, mais le jour où il est battu par Yugi, il prend conscience qu'il n'est pas le meilleur. Toute une série de confrontations entre eux s'ensuit, jusqu'a ce que l'on trouve que Kaïba est lui-même une réincarnation d'un vieux prêtre d'il y a cinq mille ans. Tout commence à s'emballer avec l'arrivé de Shizu Ishtar. Cette dernière découvre qu'en réalité le Pharaon Atem représenté par Yugi livrait une bataille sans précédent avec le grand prêtre représenter par Kaiba. Atem avait enfermé toutes les créatures magiques dans des pierres et la magie dans divers objets appelés les Items millénaires. Ces objets devaient être gardés par une famille de siècle en siècle, mais aujourd'hui, l'un d'entre eux a décidé de les utiliser pour lui. Il s'appelle Marek. Yugi et Kaiba vont donc mettre leurs dissensions de côtés pour lutter contre Marek et l'empêcher d'utiliser le pouvoir des items.
